Pendidikan di Madrasah Tsanawiyah Al Khalifah berbasis practical.  Kegiatan mengimplementasikan konsep prinsip atau teori oleh pendidik dengan terdidik diwujudkan dalam interaksi langsung yang sifatnya positip dan konstruktif. Memadukan konsep pembelajaran standart pendidikan nasional dikuatkan konsep pendidikan sosial diharapkan menjadi pondasi kuat dalam karakter siswa-siswi menghadapi peradaban perkembangsan zaman yang sangat cepat hari ini

Pendidikan Agama yang kokoh kuat adalah pintu menuju masa depan. Madrasah Tsanawiyah Al Khalifah berkomitmen melaksanakan sekolah yang bermutu, mencetak generasi Berakhlak, Berilmu, Bermental kuat dan Berpengalaman luas guna menyongsong Indonesia Emas  2045

Tauladan yang sangat kami agung-agungkan adalah Rosulullah SAW. Beliau memiliki akhlak yang paling mulia. Akhlaknya yang mulia selalu menyertakan pendapat yang baik, tidak pernah melakukan hal-hal buruk

Nabi Muhammad SAW sangat tersohor kebaikan hatinya. Beliau dikenal karena sifatnya yang lemah lembut perbuatan maupun perkataan. Nabi Muhammad SAW juga sangat dikenal dengan ketulusan hati, beliau tidak pernah membalas orang-orang yang berbuat tidak baik dengan ketidak baikan. Allah SWT yang maha kuasa akan menjaganya. Barokallahu anak-anak didik Mts Al Khalifah. Amin yarobbal Alamin 

وَاِنَّكَ لَعَلٰى خُلُقٍ عَظِيْمٍ ۝٤wa innaka la’alâ khuluqin ‘adhîm  Sesungguhnya engkau benar-benar berbudi pekerti luhur yang agung. Dan sesungguhnya engkau benar-benar berbudi pekerti yag luhur. Karena Tuhanmu yang mendidikmu dengan akhlak Al Qur’an (QS..Al Qalam 4)